毕业论文开题报告查重中，常用的相似度判定方法有余弦相似度、编辑距离、汉明距离等。其中，余弦相似度是最常用的方法之一，它可以通过计算两篇文章的词频向量之间的夹角余弦值来判断它们的相似度。编辑距离则是通过计算两篇文章之间的编辑操作次数来判断它们的相似度。汉明距离则是通过计算两篇文章的二进制编码之间的不同位数来判断它们的相似度。

在选择查重工具时，可以考虑使用Turnitin、iThenticate、中国知网等常用的查重工具。其中，Turnitin和iThenticate都是国际上比较知名的查重工具，可以检测出全球范围内的学术文献；中国知网则是国内较为常用的查重工具，可以检测出国内外的学术文献。此外，还可以使用论文查重系统、万方查重等其他的查重工具，以确保论文查重通过。